Herrera et al. (2008), registran la presencia del Cormorán Neotropical en 16 humedales. Si bien es cierto que P. brasilianus posee una distribución limitada, los 16 humedales donde ocurre representan una superficie de 76,821 ha. Los humedales donde no se encontró son de pequeña extensión menores a 100 ha (n=25), ubicados en alturas mayores a 1,300 msnm (n=5) o altamente impactados por factores antropogénicos (n=19), como desecación y transformación, contaminación, exceso de población, reducción del cuerpo de agua, tala y pesca excesiva o destructora.
La distribución en los 16 humedales ocurre de manera relacionada entre estos, el lago de Güija, la laguna de Metapán, los embalses Cerrón Grande, 5 de noviembre y 15 de septiembre, están conectados por el río Lempa, mientras que la laguna de Olomega, la laguna El Jocotal y la Bahía de Jiquilisco están conectados a través del río Grande de San Miguel. En cambio los lagos Chanmico (79 ha), Ilopango (7,061 ha) y Coatepeque (2,386 ha) se encuentran aislados (son lagunas de cráter) y tienen una alta profundidad (mayor a 50 m) que no genera bancos de peces de fácil captura.
En los humedales costeros existe el mayor número de poblaciones (ocho), pero la presencia es entre 100 a 500 individuos en cada humedal. Estos bajos números, comparados con los embalses Cerrón Grande, 5 de noviembre y 15 de septiembre (de 5,000–30,000 individuos por humedal) podrían deberse al efecto residual del uso de plaguicidas en la planicie costera desde 1960 a 1982 durante el cultivo del algodón. Los embalses fueron construidos entre 1975 a 1988 y en sus tierras agrícolas no se cultivó algodón.
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